La tercera entrega de Codi Lyoko. En Jeremy, Aelita, Ulrich, Yumi y Odd no se dan cuenta de que, al llevar a Eva Skinner a la fábrica del superordenador, han revelado a su peor enemigo dónde está el acceso a Lyoko. Y lo peor es que Grigory Nictapolus, el agente del grupo terrorista Green Phoenix, que los estaba espiando, también lo ha descubierto. De esta manera, cuando Jeremy une el mundo de Lyoko y el de la Primera Ciudad, XANA vuelve a adquirir su antigua potencia y decide aliarse con el Green Phoenix, activando el arma que el mundo virtual custodia.