Ambientado en el Japón del siglo XVI hacia el final del período Sengoku, el juego se centra en la lucha milenaria entre la Hermandad de Asesinos, que lucha por la paz y la libertad, y la Orden de los Templarios, que desea la paz a través del control, desde la perspectiva de dos protagonistas: Fujibayashi Naoe, una kunoichi (una shinobi femenina), y Yasuke, un samurái africano inspirado en la figura histórica del mismo nombre. Los dos personajes tienen un estilo de juego diferente, lo que permite abordar las misiones de múltiples maneras.