Apha Protocol PC 2009

Alpha Protocol se juega desde una perspectiva en tercera persona, lo que permite al jugador ver al agente Thorton en el escenario en todo momento. Como Thorton es un agente de la CIA entrenado, las herramientas que dispone el jugador incluyen numerosas armas de fuego, combate mano a mano utilizando la técnica Kempo y diferentes artilugios del espionaje.

Además de los elementos de acción, el jugador también puede ganar puntos de experiencia al ser un juego de rol. Estos puntos se pueden colocar en cualquiera de las diez habilidades diferentes que dispone Thorton. Estas habilidades aumentarán la capacidad de Thorton para utilizar ciertas armas y otorgar capacidades diferentes en ellas (apuntar a más objetivos, mayor precisión, etc.). Estas habilidades son de uso gratuito (no consume ningún tipo de energía), pero es necesario un período de "tiempo de reutilización" antes de que puedan ser utilizados de nuevo. Una habilidad, llamada "Disparo en cadena" permite a Thorton para "escanear" un grupo de enemigos en cámara lenta antes de salir de la cobertura y disparar a cada uno de ellos con mayor rapidez y precisión que un disparo normal.